Nicht nur Winckelmanns innovative Art der Kunstbeschreibung revolutionierte das Studium der antiken Denkmäler. Auch seine Hermeneutik, die inhaltliche Ausdeutung der Kunstwerke, setzte sich vom Herkömmlichen betont ab: Die meisten Darstellungen interpretierte er als Szenen aus der griechischen Mythologie – statt, wie bisher üblich, als Begebenheiten aus der römischen Geschichte oder als Illustrationen antiker Sitten und Gebräuche. Viele seiner Deutungen gelten noch heute als zutreffend.

Allerdings schoss Winckelmann mitunter auch über das Ziel hinaus, indem er manche Bilder überinterpretierte. Gleichwohl hat sein methodischer Ansatz, der die Bilder eng mit der antiken Dichtkunst verknüpfte, die nachfolgende archäologische Forschung stark beeinflusst.